L'OPCA Transports gérait jusqu'à présent ses six secteurs professionnels « de manière relativement uniforme », alors qu'il va devoir faire face à une forme de gestion autonome de chaque branche professionnelle du fait de la réforme de la formation professionnelle. « Nous nous retrouvons quasiment en position de gestion de six petits OPCA (organismes paritaires collecteurs agréés) », correspondant aux six secteurs professionnels qu'il couvre (transports routiers de marchandise et de voyageurs, transports publics urbains de voyageurs, transports fluviaux de marchandises et de passagers, transports maritimes, manutention portuaire, agences de voyages et de tourisme) estime Anita d'Alnoncourt, directeur de l'OPCA Transports.