Deux décrets publiés au Journal officiel le 18 septembre 2026 (décret n° 2026-866 et décret n° 2026-867, tous deux datés du 16 septembre 2026) réduisent la durée maximale de versement des indemnités journalières (IJ) pour certains arrêts de travail de longue durée. Pour les affections longue durée (ALD) qui ne donnent pas droit à la prise en charge à 100 % des soins, cette durée passe de 3 ans à 1 an à compter du 15 octobre 2026. Pour les ALD exonérantes à 100 %, elle reste à 3 ans. Mais la date à laquelle s'applique le nouveau régime dépend moins de la gravité de la maladie que du calendrier de l'arrêt. Voici, sources officielles à l'appui, ce qui change et pour qui.

Ce n'est pas votre maladie qui détermine la nouvelle règle, c'est la date de votre arrêt

Le décret n° 2026-866 prévoit un régime transitoire selon trois situations distinctes au 15 octobre 2026, date d'entrée en vigueur de la réforme pour les dispositions relatives à la durée d'indemnisation.

Autrement dit, deux personnes atteintes de la même affection peuvent se retrouver dans deux régimes différents, simplement parce que l'une a commencé son arrêt quelques semaines avant l'autre. Source : Code du travail numérique, ministère du Travail, qui synthétise le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 (texte intégral sur Légifrance).

Arrêt prescrit après le 15 octobre 2026

Si le médecin prescrit l'arrêt à partir du 15 octobre 2026, le nouveau régime s'applique directement : 1 an maximum d'indemnités journalières si l'affection est une ALD non exonérante, 3 ans si elle est exonérante à 100 %.

Arrêt en cours depuis plus de 6 mois d'incapacité au 15 octobre 2026

Si l'arrêt a commencé avant cette date et que l'incapacité de travail a déjà atteint 6 mois au 15 octobre 2026, l'ancien régime continue de s'appliquer jusqu'à son terme : la personne conserve son droit aux IJ jusqu'à 3 ans, même pour une ALD non exonérante.

Arrêt en cours depuis moins de 6 mois au 15 octobre 2026

Si l'arrêt a commencé avant le 15 octobre 2026 mais que l'incapacité n'a pas encore atteint 6 mois à cette date, le nouveau régime s'applique une fois ce seuil de 6 mois franchi (compté à partir du 15 octobre 2026) : la durée totale d'indemnisation est alors plafonnée à 1 an pour une ALD non exonérante.

ALD exonérante à 100 % ou non : la distinction qui change tout

Une affection longue durée (ALD) est une maladie dont la gravité ou le caractère chronique nécessite un traitement prolongé, selon la définition de l'Assurance maladie. Certaines ALD donnent droit à une prise en charge à 100 % du tarif de base de la Sécurité sociale pour les soins liés à cette maladie : on les appelle ALD exonérantes. D'autres affections longues, qui justifient un arrêt de travail suivi dans le cadre de la même procédure administrative (article L. 324-1 du code de la sécurité sociale), ne donnent pas droit à cette exonération du ticket modérateur : ce sont les ALD non exonérantes, celles concernées par la baisse à 1 an.

C'est le médecin traitant qui établit le protocole de soins, document qui formalise le suivi médical de l'affection et sert de base à la caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) pour se prononcer sur le statut de l'ALD. Établir un protocole de soins ne garantit toutefois pas automatiquement le statut exonérant : c'est la nature de l'affection, au regard de la liste fixée par décret, qui en décide.

Qu'est-ce qu'une ALD exonérante à 100 % ?

Il s'agit d'une affection grave et chronique qui figure sur une liste officielle de 29 maladies fixée par l'article D. 160-4 du code de la sécurité sociale (la liste dite « ALD 30 », son nom d'origine n'ayant pas été mis à jour après le retrait de l'hypertension artérielle sévère en 2011) : cancers, diabète de type 1 ou 2, certaines affections psychiatriques de longue durée, accident vasculaire cérébral invalidant, entre autres. Une affection grave non listée mais nécessitant un traitement prolongé et coûteux de plus de 6 mois (ALD dite « hors liste ») peut aussi être reconnue comme exonérante par la caisse, au cas par cas. Source : ameli.fr, Assurance maladie.

Comment savoir si mon affection est concernée par la baisse à 1 an ?

Cette question dépend de la situation individuelle de chaque assuré et de la qualification retenue par la CPAM pour son affection. Ni cet article, ni aucun contenu générique, ne peut remplacer cette vérification : le relevé de situation adressé par la caisse, ou un contact direct avec elle via le compte ameli, permet de savoir si une affection est exonérante ou non, et donc quel régime d'indemnisation s'applique.

Qui est concerné, concrètement, par le nouveau plafond d'un an

Pour une lecture rapide, voici ce qui reste stable et ce qui change avec cette réforme.

Ce qui ne change pas :

• Les ALD exonérantes à 100 % restent indemnisées jusqu'à 3 ans.
• Le régime général d'indemnisation (hors ALD) reste plafonné à 12 mois d'IJ par période de 3 ans consécutifs, sans changement lié à cette réforme.
• Une nouvelle période d'indemnisation reste ouverte après une reprise du travail d'au moins 1 an, pour les deux régimes.
• La protection contre un licenciement fondé sur l'état de santé reste inchangée (voir la FAQ ci-dessous).

Ce qui change :

• La durée maximale d'IJ pour une ALD non exonérante passe de 3 ans à 1 an, selon le calendrier transitoire détaillé plus haut.
• Le décret n° 2026-867 du 16 septembre 2026 étend une logique équivalente à d'autres statuts (travailleurs indépendants, fonctionnaires de l'État, magistrats, ministres des cultes), avec leurs propres règles de calcul.
• Le même décret n° 2026-866 renforce aussi la sanction en cas de prescription d'arrêt de travail jugée non justifiée, un volet distinct de la question de la durée d'indemnisation.

Les situations qui restent à 3 ans

Une ALD exonérante à 100 %, quelle que soit la date de l'arrêt. Et, grâce au régime transitoire, les arrêts pour ALD non exonérante déjà en cours depuis 6 mois ou plus au 15 octobre 2026.

Les situations qui basculent à 1 an

Un arrêt pour ALD non exonérante prescrit à partir du 15 octobre 2026, ou un arrêt en cours à cette date mais dont l'incapacité n'a pas encore atteint 6 mois.

Que se passe-t-il à la fin de vos indemnités journalières ?

Cette question dépasse le cadre d'un article général : elle dépend de l'état de santé, de la situation professionnelle et du parcours de cotisation de chaque assuré. Deux mécanismes, encadrés par l'Assurance maladie et la médecine du travail, peuvent prendre le relais.

Le relais de la pension d'invalidité

Lorsque l'état de santé se stabilise sans permettre une reprise du travail dans les conditions antérieures, la CPAM peut, après expertise médicale, reconnaître une invalidité et ouvrir droit à une pension d'invalidité, sous réserve des conditions de cotisation et d'affiliation. Cette reconnaissance n'est pas automatique à la fin des IJ : elle fait l'objet d'une évaluation individuelle par le service médical de l'Assurance maladie. Pour toute question sur l'épuisement de ses droits à indemnités journalières ou sur une éventuelle pension d'invalidité, le site ameli.fr et le conseiller de sa CPAM restent les interlocuteurs de référence.

Le rôle de la visite de reprise et du médecin du travail

Avant toute reprise effective du poste après un arrêt longue durée, une visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire. Cette visite permet de vérifier la compatibilité entre l'état de santé du salarié et son poste. Selon les conclusions du médecin du travail, elle peut donner lieu à des aménagements de poste, à une déclaration d'aptitude, ou, dans certains cas, à une déclaration d'inaptitude ouvrant une procédure distincte de reclassement ou, à défaut, de licenciement pour inaptitude. Ce point individuel ne peut être traité qu'avec le médecin du travail et, le cas échéant, un conseil juridique.

Préparer sa reprise d'activité ou sa recherche d'emploi après une longue maladie

Au-delà des questions médicales et administratives, qui relèvent de la CPAM et du médecin du travail, une reprise après un arrêt long pose aussi des questions très concrètes pour la suite du parcours professionnel.

Le mi-temps thérapeutique, lorsqu'il est prescrit par le médecin traitant et accepté par l'Assurance maladie et l'employeur, peut constituer une passerelle utile : il permet de reprendre une activité progressivement, à temps partiel, avec une compensation partielle du salaire par des IJ, avant un retour à temps plein. Ce dispositif se négocie au cas par cas avec le médecin traitant, le médecin du travail et l'employeur.

Pour les candidats qui reprennent une recherche d'emploi après une absence longue — que ce soit après un licenciement pour inaptitude ou simplement pour retrouver un poste différent — la question du « trou » dans le CV revient souvent. Il n'y a pas lieu de le dissimuler : mieux vaut l'assumer brièvement et factuellement, sans entrer dans le détail médical, qui relève de la vie privée et n'a pas à être justifié auprès d'un recruteur. Remettre à jour son CV et son profil, cibler ses candidatures plutôt que d'en multiplier le nombre, et avancer avec une méthode progressive sont des réflexes qui aident à reprendre pied, quelle que soit la raison de l'absence. Si cette absence a débouché sur un licenciement pour inaptitude, notre article sur comment retravailler après un licenciement détaille cette situation précise. Pour toute reprise après une longue absence, quelle qu'en soit la cause, nos conseils pour relancer une recherche d'emploi donnent une méthode étape par étape pour structurer cette reprise.

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