SOLTIS - Stage M2 Génétique de l'adaptation du Tournesol : de la Phénologie aux Composantes du Rendement Pôle Semences

Finalité du poste

Intégré(e) à l'équipe Analytics & Breeding Support dédiée à l'analyse de données, aux développements méthodologiques et plus largement au support des programmes de sélection, l'étudiant(e) contribuera à un projet global visant à mieux comprendre l'adaptation du tournesol au changement climatique. Le projet abordera en premier lieu les mécanismes génétiques contrôlant la floraison en réponse à la photopériode, puis l'interaction Génotype x Environnement pour la tolérance aux stress climatiques durant cette phase de floraison, et enfin leur impact sur les composantes finies du rendement.

Contexte Scientifique

Le tournesol (Helianthus annuus L.) est une culture oléagineuse d'importance mondiale dont le rendement est fortement menacé par les changements climatiques. L'adaptation des cultures à ces changements repose sur une compréhension fine du cycle de la plante.

En premier lieu, la maîtrise de la date de floraison et de la sensibilité à la photopériode est essentielle pour adapter le cycle végétatif aux nouveaux contextes climatiques. Ensuite, cette période de floraison est une phase critique pour la détermination du rendement, car elle conditionne le succès de la fécondation et le nombre de grains par capitule face aux stress thermiques et hydriques de plus en plus fréquents.

Pour développer des variétés plus résilientes, SOLTIS dispose d'importants jeux de données historiques et d'un réseau d'essais multi-annuels et multi-environnements, combinant des données de phénotypage précises, des données de génotypage haute densité et des relevés climatiques détaillés. Ce stage se situe à l'interface de la génétique quantitative, de l'agronomie et des biostatistiques.

Objectifs et Missions du Stage

L'objectif principal est d'identifier les déterminants génétiques de l'adaptation du tournesol, de la mise en place de la floraison jusqu'à la plasticité du rendement. Le projet s'articulera chronologiquement autour des axes suivants :

1. Phénologie et Floraison (Sensibilité à la photopériode)

• Analyse phénotypique : Nettoyage et analyse statistique des données historiques sur la floraison et la photopériode.

• Caractérisation génétique : Réalisation d'analyses d'association (GWAS/QTL) pour identifier les régions génomiques associées à la date de floraison et à la sensibilité à la photopériode, puis comparaison aux données bibliographiques existantes.

2. Caractérisation des Environnements et Stress à la Floraison

• Analyser les données météorologiques afin de définir des variables climatiques pertinentes (e.g., déficit hydrique cumulé, jours de stress thermique) durant les fenêtres critiques de la floraison identifiées lors de la phase précédente.

3. Composantes du Rendement et Interaction Génotype x Environnement (GxE)

• Modélisation GxE : Mettre en œuvre des modèles statistiques avancés (ex: modèles de régression aléatoire) pour modéliser la norme de réaction de chaque génotype en fonction des gradients environnementaux et estimer la plasticité pour les caractères liés à la fécondation et au rendement.

• Identification de régions d'intérêt et outils de sélection : Réaliser des GWAS sur les paramètres de plasticité estimés pour identifier des QTLs impliqués dans la réponse aux stress. Identifier les haplotypes favorables pour développer une sélection assistée par marqueurs efficace et stable.

Nous recherchons un(e) étudiant(e) en École d'ingénieur ou Master 2, motivé(e) et rigoureux(se), issu(e) d'une formation avec une spécialité en :

• Agronomie ou Amélioration des plantes

• Génétique quantitative, Mathématiques appliquées ou Biostatistiques

Compétences requises :

• Indispensable : Solides connaissances en génétique, statistique et statistiques (modèles linéaires mixtes indispensables).

• Indispensable : Bonne maîtrise de la programmation sous R pour l'analyse de données.

• Qualités : Autonomie, rigueur scientifique, curiosité, esprit d'analyse et de synthèse, bon esprit d'équipe, fort intérêt pour l'agronomie/recherche appliquée, et capacité à communiquer les résultats.

SOLTIS est une société de recherche, filiale des groupes semenciers Lidea et Limagrain. Elle est dédiée à la sélection du tournesol pour le marché européen. Elle s'affirme comme un leader en Europe et poursuit son développement, notamment vers des zones plus septentrionales.

SOLTIS est une entreprise de 50 personnes réparties sur plusieurs pays, dont le siège social est situé à Mondonville, près de Toulouse.